FLAUT av HW.no forumet at vi ikke kan holde stand!

[DargarWhiteFang]

Hei alle sammen!

 

Først og fremst vil jeg si at jeg virker å ha oppnådd -noe- av det som jeg ville oppnå, nemlig oppmerksomhet. Derimot vil jeg ærlig innrømme at jo, jeg ordla meg nok en tanke for sterkt for flere, og det er noe jeg her vil beklage.

 

Til alle som følte seg støtt av enten signaturen min, eller denne tråden:

-Såklart mener jeg ikke at alle skal støtte allt mulig av veldedig arbeid, og jeg mener absolutt ikke at folk som ikke er med på ditt eller datt er dårligere mennesker. Jeg skrev hva jeg skrev fullt vitende om at jeg trådde på og over den fine linja, og jeg gjorde det for å prøve å få litt blest om saken. Nå da jeg virker å ha fått litt oppmerksomhet, skal jeg redigere tråden (og siggen)... Var vel en blanding av frustrasjon og ønske om blest som var oppkomme.

 

Så igjen, til alle som følte avsmak for posten min, jeg beklager virkelig, men håper fortsatt at "poenget" kom over og at du vil vurdere den seriøse siden av posten!

 

------------------

 

Til alle som "maser" om strøm:

Man må ikke ha maskina på 24/7 for å bidra. Man kan sette klienten opp til kun å ta arbeid som ikke har "deadlines", såkallte "timeless units". Da vil du bidra med maskin-kraft når maskinen er på. Det vil se stusselig ut for din egen statistikk, men for laget som helhet, så vil det merkes godt om vi får en 100 - 200 stykker som har maskina på noen timer i døgnet!!

 

Ingen som forventer at man skal la maskina stå på ekstra for å folde, det er frivillig!

 

...På tide for meg å renske opp i den første tråden! -men jeg står fast ved "FLAUT" fokuset mitt, for det er det! Selv om noen synest de bidrar nok på andre kanter, så er jeg sikker på at av de 80 000+ brukerene på forumet, så er det tusen tals som ikke bidrar på noe område.. personlig gir jeg ikke penger til veldedighet, har ikke råd som student egentlig (strøm er inkludert i leia her!! men om man ikke orker/gidder/tror på andre hjelpeorganisasjoner, så er jo folding en fin måte å hjelpe uten å merke noe av det selv.... så det burde fange opp alle utenom de som VIRKELIG ikke VIL hjelpe noen, uavhengig av grunner... og de er det sikkert ikke mange av!

 

 

Til alle som leser, vil jeg nok en gang takke, og unskylde, og jeg håper at du vil starte opp i prosjektet, selv om maskina bare står på 4 timer i døgnet (bare pass på å svare yes på advanced og trykk enter til spørsmål om "timeless work units only" kommer opp og velg yes på dette... Da er du sikker på at bidragene som etter hvert vil komme inn faktisk blir benyttet!!

Endret 20. april 2006 av Dargar

[DargarWhiteFang]

Da er jeg også med. 

Har vist om dette i lang tid, men det er først nå jeg har gjort noe med det, takket være denne posten.

5947719[/snapback]

 

Da var det vel kanskje verd allt ståheiet jeg skapte! Velger å tro at nå, etter å ha moderert tonen litt (igjen, beklager, var meningen å balansere på linja, men jeg trampet vist over hele grensa istedenfor!), håper jeg på mange flere slike svar som Fargoth gav her!!

 

...Så er det bare å håpe at folk som blir medlemmer enten aktivt engasjerer seg, eller glemmer å slette FAH når de ikke gidder mere!! hehehehe!

[tore_v1]

Tenkte jeg kunne komme med et lite innspill for de av dere som lurer på hva det dreier seg om, og som ikke orker å lese de 250 innleggene i sticky-tråden.

 

Det som ligger i spoiler-teksten er en forklaring fra en av studentene ved Standford. Dette er hentet fra forumet til FAH, men jeg synes det var interessant, og man får en varm fuzzy-feeling når man vet at man er med på å redde verden..

 

 

First, let's review some basic physics. The key idea is that of a "trajectory." You might recall Newton's Second Law, F = ma, which means that the acceleration a (change in velocity) that a particle experiences is proportional (by its mass m) to the force F it experiences. This means that if we can catalog all the forces on a particle, we can determine its acceleration. If we know the acceleration, then we can use calculus to determine the particle's position as a function of time, for all time. The result is what's called a 'trajectory' -- a kind of map of where the particle has been and where it will be going. By the way, when I say 'particle,' I mean that we could perform this analysis on atoms, protein molecules, baseballs, the space shuttle, the Sun, or anything in between.

 

The analysis gets a lot harder the more particles there are in the system -- for instance, if you set up a system with the Earth and the Sun as two particles, experiencing each others' gravity, then you can solve Newton's Second Law very easily and write down a function which describes the position of the Sun and the Earth at all times. If you include the moon or other planets, then you can't write down functions like this, though you can solve Newton II numerically. This is what we do for FAH -- solve Newton II numerically for thousands of atoms, thousands of times, once every femtosecond or so (that's "ten-to-the-minus-15" seconds). What we get is a trajectory for the protein atoms.

 

If we're simulating protein folding, then perhaps the trajectory will result in a folded protein. Perhaps not -- we don't have a way to say for sure how this happens for an arbitrary starting conformation. (But we're studying it, obviously, thanks to our Army of Undea -- oops, I mean FAH clients. The Army of Undead is for a different project entirely.)

 

Now, on my desktop machine at work, I can simulate a system of about 16,000 atoms moving for 1 nanosecond (ns, or "ten-to-the-minus-9" seconds) in one day. But the protein that I'm folding requires (on average) one microsecond ("ten-to-the-minus-6" seconds) to fold -- and this is a system engineered to fold fast. To get to one microsecond on my desktop machine, I'd have to fold for 1,000 days. Forget about "average" proteins, which might take hundreds of microseconds, or milliseconds, to fold.

 

Maybe I'd get lucky and the protein would fold in that time; maybe I wouldn't, and they'd find me 35 years later, in some sub-subbasement below the chemistry building at Stanford, a raving lunatic lost to the dredges of Ph. D. research, sneaking out only at night to feed on spilled yeast extract and collecting discarded NMR tubes to wear as primitive jewelry. (I heard this happened to a guy.)

 

To avoid life-wasting tragedy, we (and when I say "we" I mean, "Someone besides me, but who I know") has recruited hundreds of thousands of generous and interested persons ("you guys") to give us a hand with some of this work. I could run a trajectory for 1,000 days, but instead we've taken a shortcut and decided to run 1,000 or 10,0000 or 100,000 trajectories for a few days (or months or years) instead. On average, a few of these trajectories will result in a folded protein (and we have ways of yielding interesting and important information from all of the work done on FAH).

 

Okay, here it is: The CLONE numbers are labels for each trajectory that we run. Each GENeration is another chunk of time along that trajectory. So, say that I benchmark CLONE0, GEN0 (the first 4 ns). That WU is then done, and the FAH software builds a new WU with starting coordinates (and velocities and stuff) where mine left off. Then the new WU -- GEN1 of CLONE0 -- gets sent to you, and you simulate the next 4 ns. And so on. So CLONE is a label for an individual trajectory, and GENerations are time steps along that trajectory.

 

RUNs are groups of similar CLONEs. All the CLONEs in a RUN have the exact same atoms, the exact atom positions, the same temperature, etc. The difference is the starting velocities -- the initial motions of all the atoms in the protein are randomized. Although statistically the velocities are determined by the temperature, there are countless ways of partitioning the velocities to the atoms, so we try out 100 or so CLONEs to get a good feel for the sample space. Assigning different velocity sets to the atoms turns out to be wildly important: if the conformation we start with happens to represent the transition state (sort of halfway from folded, halfway from unfolded) then 50 of our 100 CLONEs will fold, and 50 won't.

 

The different RUNs in a PROJect might, in their simplest form, represent different starting conformations. So, we could start off 100 RUNs of different partially unfolded structures and try to find the one for which half of its CLONEs fold -- then that RUN has the conformation of a representative of the transition state.

 

So why is this transition state doohickey so important? The folded state is relatively easy to identify, especially if experimentalists have determined the structure for the protein under scrutiny, or for a very similar one. The "unfolded state" is a bit harder, but we can generate unfolded conformations by, say, simulating the folded protein at high temperatures so it "melts," or we can thread the amino acid sequence on a set of randomly coiled noodles, or whatever. But the path which connects "unfolded" protein with folded protein is not so easy to get to -- but if we identify the transition state, then we've found (at least one of) the paths by which proteins fold, and that's research in protein folding.

 

The RUNs might also represent slightly different proteins -- for instance, different mutants of some protein. They might represent other things that I haven't thought of, but whatever they are they are similar enough to other RUNs in the same PROJect, that, well, they're part of the same project.

 

So to summarize, when I'm setting up a project, I might do the following:

1. Pick 100 different unfolded or partially unfolded conformations of my protein of interest. These become my RUNs.

2. Then, I set up 100 different CLONEs for each RUN. (Well, I don't actually set them up myself, I just run a program. But I run it really well. And intelligently. And I look good doing it.) Each CLONE contains one WU at this point.

3. Then, I let the (100 RUNs) x (100 CLONEs) = 10,000 WUs loose on the world ("you guys").

4. Then, I go have lunch.

5. I come back weeks later to find WUs crunched and GENerations progressing -- each of the original 10,000 WUs was the beginning of one trajectory, so at the end, I have 10,000 trajectories of 50 or 100 or more ns.

6. Finally, I sit through the data and learn something new about protein folding!

 

And so it goes. I'm still new at this, so I haven't actually done steps 4, 5, or 6 yet, but I've got a good handle on 1, 2, and 3, and now it's a matter of waiting (and doing 1, 2, and 3 a lot more).

 

Hope that helps! Now to find something else to distract me from doing homework . . .

Dan

 

Link

 

 

 

Alle prosjektene som bruker FAH. Dette er en lang liste, med mye fagutrykk, og fine bilder av proteiner, og andre elementer. Jeg syntes det var spennende, og det var litt artig å få vite mer detaljer rundt hva dette dreier seg om. Ingen tvil om at det er nyttig, og et godt godt tiltak. Håper alle dedikerer så mange hz som mulig til dette

[Traktormannen]

Alle prosjektene som bruker FAH. Dette er en lang liste, med mye fagutrykk, og fine bilder av proteiner, og andre elementer. Jeg syntes det var spennende, og det var litt artig å få vite mer detaljer rundt hva dette dreier seg om. Ingen tvil om at det er nyttig, og et godt godt tiltak. Håper alle dedikerer så mange hz som mulig til dette

5953421[/snapback]

 

Hadde av en eller annen grunn ungått å oppdage prosjektbeskrivelsene før nå . Greie beskrivelser men litt korte, finnes det mer detaljerte beskrivelser

(kan endelig få bruk for masteren i bioinformatikk ) et sted?

[tore_v1]

Jeg ville sjekket i forumet der. Mulig det ligger noe der, hvis ikke er det bare å spørre. Siden du har en master i bioinformatikk er du sikkert vant med å bruke engelsk som fagspråk.

[NikkaYoichi]

Jeg var med på noe liknende for lenge siden, trengte bare en påminnelse om at det faktisk eksisterte. Har nå satt min PIII - 800Mhz på saken, blir en dråpe i havet, men en dråpe her og en dråpe der gjør ei flue full.

[DargarWhiteFang]

Jeg var med på noe liknende for lenge siden, trengte bare en påminnelse om at det faktisk eksisterte. Har nå satt min PIII - 800Mhz på saken, blir en dråpe i havet, men en dråpe her og en dråpe der gjør ei flue full.

5953878[/snapback]

Tro det eller ei, men selv fluer får festet løs om mange nok bidrar med dråper! Flott å se at folk tilater sine eldre å bidra til samfunnet også! Må jo være kjipt for gamlingen å bli stuet inn i et kott og bare dele ut filer til den yngre garden, eller bare få lov til å spille solitare liksom... og jeg prater såklart om eldre maskiner her!

 

Tore_v1 : meget innteresant post du hadde kommet over, likte å lese den ja!!

[Tordenflesk]

Har foldet siden starten av Team HW-no:

http://vspx27.stanford.edu/cgi-bin/main.py...me=Lautsprecher

Skal se og å innstallert F@H på de resterede 2 PC'ne i huset(XP-M 2600+, Celly 500) snøggast råd.

EDIT: Da var det gjort.

Endret 21. april 2006 av Tordenflesk

[DargarWhiteFang]

Har foldet siden starten av Team HW-no:

http://vspx27.stanford.edu/cgi-bin/main.py...me=Lautsprecher

Skal se og å innstallert F@H på de resterede 2 PC'ne i huset(XP-M 2600+, Celly 500) snøggast råd.

5954904[/snapback]

 

Hehehe! Takker og bukker! Det er godt å se folk som traver og står på! Ser fram imot å ha deg på "første siden" i tabellen til Hardware.no om ca. 60 dager, mindre om du får lagt til 2 maskiner til som du sier!!

Link til Tordenflesk sin hypotetiske lag-posisjon om 60 dager.

 

Elsker extremeoverclocking sin statistikk side!

 

Fold på folkens!

 

(Oppdatert layout i første posten igjen... kommentarer til forbedringer og endringer er velkommne.... f.eks. er det mulig å enndre standard "vis/skjul spoiler tekst" teksten til noe annet?)

[Bytex]

Humm..jeg finner ikke stedet jeg sjekker mine egne stats og andre sine der..

[tore_v1]

Begynte du akkurat?

Det tar litt tid for serveren å registrere innsatsen. Sett kallenavnet ditt i steden for lautsprecher i linken i innlegget til tordenflesk.

[Bytex]

Ja, har visst ikke knust en hel streng enda. Ligger på 28% i unitlog.

[DargarWhiteFang]

hehe, det er der mine gjentatte komentarer om "glemme hele greia" kommer fra. Selv med en kjapp maskin kan det ta flere dager å fullføre en WU, særlig om den er ekstra "hårete".

[Belarnion]

Jeg har et par skikkelig hårete kameler nå.

64 timer med 2,75GHz A64.

[aeinstein]

Jeg er med! Takket være oddarne84.

 

Selv om jeg har luft og pcen blir hooot. Så skal jeg prøv å kjøre det på mine pcer også så mye jeg kan!

 

La oss starte en storoffensiv som vi baserer på å løse verdens store vitenskapelige gåter (og på å komme på listetopp )!

[MrLee]

Wow.... så mye å lese før du nevner hva det dreier seg om... "worst topic ever?"

[tore_v1]

Best tiltak ever i alle fall.. hehe

[DargarWhiteFang]

Wow.... så mye å lese før du nevner hva det dreier seg om... "worst topic ever?"

5957148[/snapback]

 

Må nesten si meg uenig med deg der. Jeg nevner rimelig kjapt at det som jeg synest er flaut er at lag som Brazil og diverse andre lag bare suser forbi oss. Så jeg fremlegger ganske kjapt synspunkter som bygger opp under emnet. At det deretter tar litt tid å få lagt fram alle detaljene kan jeg derimot holde med om, men det er jo fordi jeg både skal argumentere og lage bruksanvisning og forklare.. sier seg selv at det ikke er gjort på to rader, iallefall om man har tastatur-diaree som meg.

 

... Men point taken, så jeg har flytta 2 paragrafer til under "forklarende "spoiler" blokka". hjelper kanskje litt?

Endret 21. april 2006 av Dargar

[DargarWhiteFang]

Jeg er med! Takket være oddarne84.

 

Selv om jeg har luft og pcen blir hooot. Så skal jeg prøv å kjøre det på mine pcer også så mye jeg kan!

 

La oss starte en storoffensiv som vi baserer på å løse verdens store vitenskapelige gåter (og på å komme på listetopp )!

5957118[/snapback]

 

Vel, isåfall, takk både til oddarne84 og til deg, aeinstein! Glimrende! Nå vil jeg bare ønske deg hjertelig velkommen, og oppfordre deg til, den dagen du synest det går for treigt og for lite skjer, isteden for å slette FAH, så bare glem hele greia noen uker, og så kan du sjekke statistikken igjen!

 

Skal ikke mye til for å klattre fra bunnen av team Hardware.no til topp 100 lista! -Faktisk vil man gå fra 1265'te plass til 700 plass bare med 1000 poeng, noe som vil si at man med en rimelig oppegående maskin som står på døgnet rundt, vil klatre 564 plasseringer på mindre enn 7 dager, og på et par tre måneder, så vil man være oppe på topp 100 lista. Det er først da man begynner å møte virkelig motstand i å klatre oppover.. Har fått litt "wow" kommentarer på mine poeng, men sannheten er at det bare er ett par måneder siden jeg fikk vervet alle maskinene jeg har nå, og før lå jeg på et snitt på mellom 350 og 500 poeng til dagen, med min dell laptop og min stasjonære, men jeg var fremdeles på 15 plass i laget eller noe.. hemmeligheten er enkelt å greit tid.. har holdt på siden laget startet, så godt som. Kom over verve-tråden rett etter de hadde starta opp. Meste parten av tia har jeg riktig nok ikke tenkt på FAH særlig mye, stort sett bare innstallert og glemt hele greia, til nå.

[aeinstein]

Hvorfor ikke lage en vervekonkuranse?