F@H Team "hardware.no" (lagnr: 37651)

[Theo343]

Vi er her for å hjelpe, rådgi og peke i rett retning

[Theo343]

Ellers har SMP -8 kjørt stabilt nå og jeg lurer på om rebooten jeg fikk var pga. Nokia PC Suite som oppdaterte seg.

 

Et bilde med litt artig informasjon du får på Linux:

 

Som man ser, selv med 8 Ci 7 tråder på 4 GHz klarer man kun å "simulere" 2.35ns per døgn av en proteinfolding. Og det trengs en del GFlops for å gjøre det. Man blir stadig forundret over denne kroppen vår

Endret 4. desember 2009 av Theo343

[fargoth]

Man kan jo spørre seg om det er virkeligheten som er så kompleks eller om det bare er hardwaren som enda er ytterst primitiv. Dersom den teknologiske utviklingen fortsetter i samme tempo de kommende tiårene vil man om tyve år se tilbake på dagens maskiner med den samme medynken som vi utviser ovenfor datamaskiner anno 1989. Man kan jo bare tenke seg hvor lang tid et av datidens råskinn ville brukt på en av dagens arbeidsenheter.

 

Når det i tillegg er slik at prosjektene som distribueres over F@H-nettverket består av korte og forholdsvis simple proteinstrukturer og alle prosjektene i stor grad baserer seg på forenklede simuleringer sier det litt om hvor utilstrekkelig hardwaren vi sitter på fortsatt er.

 

Jeg synes følgende sitat fra wikipedias artikkel om proteinstrukturprediksjon oppsummerer vår "utilstrekkelighet" på en treffende måte:

Direct simulation of protein folding in atomic detail, via methods such as molecular dynamics with a suitable energy function, is typically not tractable due to the high computational cost, despite the efforts of distributed computing projects such as Folding@home. Therefore, most de novo structure prediction methods rely on simplified representations of the atomic structure of proteins.

[Smirnoff]

Som sammenlikning, en 486DX-33 MHz har vel såvidt jeg husker fra hodet, en flyttallskapasitet på ca. 2.5-3 MFLOPS. Mens en Core i7-965 klarer 70 GFLOPS, altså minst 23000 ganger kjappere. ;P

 

En 386 hadde ikke innebygget flyttallsenhet engang, hehe.

Endret 4. desember 2009 av Smirnoff

[Theo343]

Klar over dette og helt enig fargoth. Derfor interessant å se hvor utilstrekkelige vi fortsatt er til å simulere vår egen biologi.

 

NB!

Det må også legges til her at x86 arkitekturen også er en stor brems og en steinalder arkitektur ift. effektiv utregning og simulering. HPC entusiaster elsker ikke akkurat x86.

 

Jeg tror ikke vi vil fortsette å se samme utvikling fremover som det referes til bakover her så lenge vi fortsetter videre på x86. Selv ikke med Intels nye 48-80 kjernede test CPUer (SCC).

Endret 4. desember 2009 av Theo343

[CypheroN]

Jeg kommer aldri til 100% før jeg slår av PC'en, så hvordan kan jeg egentlig komme meg til 100% og få en 'done'? Hehe, eller er det et triks jeg har oversett?

[Gjest Slettet+6132]

Folding @ Home skal fint kunne fortsette der den slapp før du skrudde den av, så det skal ikke være noe problem

 

Når du starter opp F@H igjen, begynner den på 0% igjen, eller begynner den på noe annet?

[World Of Warcraft]

Ikke skru av PCen

 

Trudde klienten skulle fortsette på samme airbeid som før du skrudde av, mulig det er forskjell fra klient til klient.

[CypheroN]

Folding @ Home skal fint kunne fortsette der den slapp før du skrudde den av, så det skal ikke være noe problem

 

Når du starter opp F@H igjen, begynner den på 0% igjen, eller begynner den på noe annet?

Den begynner fra start igjen. Må skrive "dnfk"-navnet og det hver gang også. Regner egentlig med at det ikke skal være sånn.

[Gjest Slettet+6132]

Da er det noe galt ja, prøvd å følge veiviseren i førstepost i denne tråden?

[CypheroN]

Veiviseren i førstepost er sånn ca. det samme som fargoth skrev for noen sider tilbake, i går. Jeg har gjort det helt riktig, men må "starte om igjen" hver gang.

 

Ikke skru av PCen

Bråker for mye om natta, må sove.

[Herr Brun]

Jeg klarer ikke hente arbeid. lasta ned console-versjonen, ikke GUI-versjonen. Bruker windows sin brannmur. Regner med det er der problemet er, men vanligvis får jeg opp en forespørsel om å fortsette å blokkere eller ikke. Det har jeg ikke fått. Noen som kan hjelpe?

Og kan jeg kjøre GPU-folding på et ATI Radeon X1950 pro?

[Xell]

hvis du kan surfe på nett med IE så skal ikke brannmuren være noe problem.

 

hvis du legger inn en kopi av log'en her så kanskje vi kan kjelpe deg.

[Herr Brun]

Den trengte bare et par-tre ekstra forsøk. Går bra nå.

 

 

Hvordan installerer jeg F@H på playstation 3-en min? Det skal visstnok finnes i hovedmenyen, men det gjør ikke det.

[Theo343]

Live

[Xell]

Veiviseren i førstepost er sånn ca. det samme som fargoth skrev for noen sider tilbake, i går. Jeg har gjort det helt riktig, men må "starte om igjen" hver gang.

 

Ikke skru av PCen

Bråker for mye om natta, må sove.

 

Hvilken klient kjører du? consol, gpu, smp....? hvis du starter en consol-klient manuelt må du stoppe den med ctrl+c (stå i cmd-viduet og trykk ctrl+c). Hvis du har lagt inn slik at den skal starte som service så skal det ikke være noe problem, men unormal avsluttning av PCen kan skape feil som gjør at WU'en ikke kan starte der den slapp og klienten vil laste ned en ny.

 

Hvis du legger inn logen din her (helst i skjul-tag) så kan vi kanskje hjelpe deg med problemet.

[kjellms]

Og kan jeg kjøre GPU-folding på et ATI Radeon X1950 pro?

Nei, GPU1 gikk ut for nærmere to år siden, ATI18X0-19X0 seriene var da bra foldemaskiner. Så kom GPU2 til de nyere ATI 2000-3000 osv og noen måneder etter kom GPU2 for nVIDIA og med det en vannvittig boom i foldinga.

[kjellms]

..

Som man ser, selv med 8 Ci 7 tråder på 4 GHz klarer man kun å "simulere" 2.35ns per døgn av en proteinfolding. Og det trengs en del GFlops for å gjøre det. Man blir stadig forundret over denne kroppen vår

Er ikke sikker på hva du mener her. Det er ikke nødvendigvis slik at "kroppen" gjør disse foldingene. Det er jo det prosjektene prøver å finne ut av. Hva er de mest sannsynlige foldingene, hvordan fungerer det? Foldingene går jo av seg selv ut fra kjemisk-fysiske-energetiske lover/prinsipper. Og mye av foldingene i ferdige proteiner skjer kun en gang, ved dannelsen.

[ei57]

Var innom Wikipedia og sjekket Nvidia-GPU'er og så at siden var oppdatert med GTx3nn. Forutsatt at de antagelser som er gjort stemmer sånn omtrent, er det godt nytt mhp ytelse og effektforbruk. Har gjettet litt på prisen, men det er lov å håpe at de blir noe lavere.

 

Nvidia_GPU.pdf

 

Edit: Rettet skriveleif - trådløst tastatur er ikke helt til å stole på eller kanskje batteriene begynner å bli utladet.

Endret 5. desember 2009 av ei57

[Theo343]

Fermi blir helt rå på folding.