Hvor mye informasjon trengs for å gjenskape et menneske?

[Ribo]

Tror heller at det er du som troller her, du spurte og jeg svarte. Siden du har ikke har et svar uten mening, så burde heller la være å leke smart.. Du kommer ikke med noe fornuftig, og det første som faller deg skriver du ned. Og du er veldig negativ i tillegg, og har ikke tålmodigheten til å diskutere. Hvis du ikke takler noe, så la vær og spør. Se på svarene dine, og se hvor DUM du faktisk høres ut.

For det første så er det du som tok opp temaet, helt uoppfordret.

For det andre så har du ikke gitt noen svar i det heletatt. Og det var da heller ikke meningen fordi INGEN har noen svar. (selv ikke du)

 

Jeg kommer ikke med noe fornuftig, nei det er vanskelig det når det som skal kommenteres ikke har rot i virkeligheten.

 

Jeg skriver negativ om det å gå ut å være skråsikker på noe man ikke vet.

Du vet ikke om det finnes noe sjel. Og det er fakta, helt frem du at du kan bevise at det eksistere. Så da foreslår eg at du kommer tilbake da..

 

Som sagt det var ikke meningen for deg å svare, da det ikke finnes svar.

Det jeg her helt enig, svarene høres ekstremt dumt ut. Men det er da også ekstemt vanskelig å svare smart på din absurde påstand.

 

Ta denne greia til en tråd som passer..

Endret 28. januar 2011 av netroM

[bjelleklang]

Denne tråden her skled skikkelig ut fra topic. Folk må slutte å ta seg nær av hverandre.

 

Min mening er ihvertfall at epigenetikk blir som å snakke om menneskelig DNA informasjon og ikke generelt. En informasjonsmengde burde være lik for alle ting som bruker DNA som virus, bakterier, planter og dyr. Da vil det å snakke om epigenetikk være bortkastet.

 

Når det gjelder funskjoner så har det veldig lite å gjøre med informasjonsmengden. Informasjonsmengden sier noe om hvor mange binære valg man trenger for å komme fram til riktig sekvens, eks i en datamaskin. Det samme gjelder for DNA, det er sekvensen man ønsker å vite, ikke hvordan den kan katalyseres, isåfall er snakk om termodynamisk informasjon.

[Ribo]

Denne tråden her skled skikkelig ut fra topic. Folk må slutte å ta seg nær av hverandre.

 

:thumbs

 

Min mening er ihvertfall at epigenetikk blir som å snakke om menneskelig DNA informasjon og ikke generelt. En informasjonsmengde burde være lik for alle ting som bruker DNA som virus, bakterier, planter og dyr. Da vil det å snakke om epigenetikk være bortkastet.

 

Informasjonsmenge i form av ACGT er jeg enig i er universielt. MEN, det kommer en betydelig tilleggsinformasjon som ikke er representeret i de samme ACGT. F.eks metylering på enkelte C, så ACGT er ikke det samme som ACmGT i henhold til informasjon.

 

Derfor mener jeg at å bare se på ACGT og late som at det ikke finnes et metyleringsmønster vil være helt feil.

 

I tillegg kan den komplementære tråden også bære informasjon, slik at samme informasjon på DNA for sekvensen ACGT blir i realiteten 2xACGT (så kommer epigenetikk og alternativ splicing på toppen av dette)

 

Når det gjelder funskjoner så har det veldig lite å gjøre med informasjonsmengden. Informasjonsmengden sier noe om hvor mange binære valg man trenger for å komme fram til riktig sekvens,

Og da må du ta hensyn til DNA'et dobbelt/trippel/++ kodede egenskaper. I datamaskinen har EN binær sekvens ET valg, slik er det ikke for DNA. Skal du kunne sammenligne de direkte må du dekomprimere DNA slik at EN sekvens har ET valg.

 

(det er underforstått at med valg menes det funksjon i DNA og biologien, er du ikke enig ? )

 

Kan vi være enig om at premissene må være de samme:

1 sekvens = 1 valg (funksjon)

Dette må gjelde for både binært og 4tall/bokstav system

 

Her kan f.eks den ene sekvensen ACGT 4 flere valg

ACGT

ACGT (<- Den komplimentere tråden)

ACmGT

ACmGT (<- Den komplimentere tråden)

 

ok det eksemplet ble litt rart, men håper du forstår hva jeg mener.

Det viktige som må på plass er det som står i bold.

Endret 28. januar 2011 av netroM

[bjelleklang]

La oss gjøre en analogi. Dette er en del av en sekvens. "Skyt ham, ikke, vent." Kommaene er metyleringer. Som du ser kan denne setningen ha to forskjellige meninger ettersom du fjerner en av kommaene. Det kan så gjøres slik at når du leser av denne setningen så vil det være en sannsynlighet for at en av kommaene vil være fjernet. Sekvensen i seg selv innehar alltid samme informasjon men hvordan du leser setningen påvirker hva du får ut. Akkurat det samme gjelder for biologi. Polymerase innehar en sannsynlighet for reaksjon med andre molekyler og er ikke spesifikk til DNA, bare høy affinitet. Denne sannsynligheten kan defineres med termodynamikk.

 

For å summere kort, DNA autoatalyseres av proteiner som er en hypersyklus. Hvis vi kan definere DNA sekvensen kan vi i prinsippet også få informasjon om metyleringene som gjøres av proteiner som er kodet fra nettop DNA sekvensen. Det samme gjelder for alle andre avlesninger for DNA. Er du ikke enig?

[Ribo]

La oss gjøre en analogi. Dette er en del av en sekvens. "Skyt ham, ikke, vent." Kommaene er metyleringer. Som du ser kan denne setningen ha to forskjellige meninger ettersom du fjerner en av kommaene.

Jeg er med på den. I denne sammenhengen så er denne sekvensen og alle andre sekvenser uten komma.

 

Så i DNA verden kan denne sekvensen gi flere valg til samme tid.

 

1 - Skyt ham ikke vent

2 - Skyt ham ikke, vent

3 - Skyt ham, ikke vent

4 - Skyt ham, ikke, vent

 

DNA består av to tråder og begge kan kode for informasjon over samme område til samme tid. Slik at i tillegg til "Skyt ham ikke vent"

 

4 - vent ikke han skyt

5 - vent ikke, han skyt

6 - vent, ikke han skyt

7 - vent, ikke, han skyt

 

 

I tillegg til dette kan sekvensen ha alternativ splicing. Slik at i tillegg til "Skyt ham ikke vent" OG "vent ikke han skyt"

 

8- Skyt --- ikke vent

9- Skyt ham ikke ---

10 Skyt ham --- vent

 

++++

 

Som du ser så kan man ende opp med mange rare valg ut fra en liten bit av DNA informasjon.

 

 

Det kan så gjøres slik at når du leser av denne setningen så vil det være en sannsynlighet for at en av kommaene vil være fjernet. Sekvensen i seg selv innehar alltid samme informasjon men hvordan du leser setningen påvirker hva du får ut. Akkurat det samme gjelder for biologi. Polymerase innehar en sannsynlighet for reaksjon med andre molekyler og er ikke spesifikk til DNA, bare høy affinitet. Denne sannsynligheten kan defineres med termodynamikk.

Her forstår jeg ikke hva du vil frem til.

 

Men jeg er ikke enig at setningene overnfor alle har samme informajson.

 

 

For å summere kort, DNA autoatalyseres av proteiner som er en hypersyklus. Hvis vi kan definere DNA sekvensen kan vi i prinsippet også få informasjon om metyleringene som gjøres av proteiner som er kodet fra nettop DNA sekvensen. Det samme gjelder for alle andre avlesninger for DNA. Er du ikke enig?

Nei

Dette vil i prinsippet si at alle mennesker skal ha samme metyleringsmønster da alle har samme protein. Slik er det jo ikke.

 

Se for deg hele "tidslinjen" i datamaskin og biologien

 

1stk Binær informasjon -> - - - - - - - - - - - - - -> 1stk valg (1:1 forhold)

1stk DNA informasjon -> 10stk RNA informasjon -> 100stk proteiner/funkjon/valg (1:100 forhold)

 

Om det forholdet mellom Informasjon og valg er 1:1, for begge systemene vil det være mulig å sammenligne direkte.

 

Men i biologien er ikke forholdet mellom DNA og valg 1:1. Nettopp i at en og samme DNA sekvens gir (hypotetisk) 10 forskjellige RNA informasjon molekyler. Der hver enkelt RNA informasjon molekyl gir 10 proteiner/funksjoner/valg.

 

Skal man sammenligne må man kompansere for denne dobbel/trippel rollen DNA innehar.

Endret 28. januar 2011 av netroM

[aldrimerforum]

http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/faq/faqs1.shtml

Storing all this information is a great challenge to computer experts known as bioinformatics specialists. One million bases (called a megabase and abbreviated Mb) of DNA sequence data is roughly equivalent to 1 megabyte of computer data storage space. Since the human genome is 3 billion base pairs long, 3 gigabytes of computer data storage space are needed to store the entire genome. This includes nucleotide sequence data only and does not include data annotations and other information that can be associated with sequence data.

[eldavid]

http://www.ornl.gov/sci/techresources/Human_Genome/faq/faqs1.shtml

Storing all this information is a great challenge to computer experts known as bioinformatics specialists. One million bases (called a megabase and abbreviated Mb) of DNA sequence data is roughly equivalent to 1 megabyte of computer data storage space. Since the human genome is 3 billion base pairs long, 3 gigabytes of computer data storage space are needed to store the entire genome. This includes nucleotide sequence data only and does not include data annotations and other information that can be associated with sequence data.

 

Hele poenget er jo at antall basepar i levende organismer ikke har et proposjonelt forhold med antall gener, som igjen ikke har et proposjonlet antall proteiner, dette fordi organismer, som allerede nevnt, har uliker typer reguleringsmekanismer ("gene expression")

 

Hei,

Jeg lurer på en del ting omkring arvestoffet til mennesker. Er det slik at et eneste DNA molekyl inneholder all arvbar informasjon? Eller er det flere? (Har ikke fått helt tak på hva kromosomer er, om det er ett DNA som strekker seg over flere eller om det er forskjellige DNA på hvert kromosm eller hvordan det henger sammen.)

 

I hvert fall, dersom en gjør om den kodete informasjonen til bit, hvor mange bit er det komplette arvematerialet for et menneske på?

 

Allerede svart på, men tenkte å gjøre det litt oversiktlig:

- All arvbar informasjon = genophore (I mennesker lagret som DNA i celle-kjerne + mitochondrium)

- 30 000 genes fordelt på 5-25*10^7 base pairs

- 30 000 genes koder for 100 000 proteins (genes koder som regel for et protein)

- De 30 000 genene er organisert i 23*2 kromosom (44 vanlige, 2 sex-kromosom)

- De fleste cellene i kroppen inneholder all genetisk informasjon (ekskludert blodceller + blodplater)

- Som regel inneholder 1 celle 1 cellekjerne, men ikke alltid (muskelceller, noen spesielle beinceller (osteoclast) ect)

- Å gjøre det om til bits er lett, 1 base pair = 1 bit, så totalt 5-25*10^7 bits

[bjelleklang]

 

 

- Å gjøre det om til bits er lett, 1 base pair = 1 bit, så totalt 5-25*10^7 bits

 

Er det så enkelt? Du gjør en rekke antagelser som vi har diskutert en del i denne tråden. Kan du argumentere for hvorfor det er riktig?

Endret 3. februar 2011 av bjelleklang

[Ribo]

- Å gjøre det om til bits er lett, 1 base pair = 1 bit, så totalt 5-25*10^7 bits

Er det så enkelt? Du gjør en rekke antagelser som vi har diskutert en del i denne tråden. Kan du argumentere for hvorfor det er riktig?

Nei, det er ikke så enkelt. Rett og slett pga det er feil. Det var også flere ting jeg reagerte på der, men det blir litt off-topic

 

1base er 2 bit

G=00

A=01

T=10

C=11

 

Filformatet heter 2bit, og det humane genomet kan lastes ned her (som jeg har linket til tidligere)

Endret 3. februar 2011 av netroM

[eldavid]

- Å gjøre det om til bits er lett, 1 base pair = 1 bit, så totalt 5-25*10^7 bits

Er det så enkelt? Du gjør en rekke antagelser som vi har diskutert en del i denne tråden. Kan du argumentere for hvorfor det er riktig?

Nei, det er ikke så enkelt. Rett og slett pga det er feil. Det var også flere ting jeg reagerte på der, men det blir litt off-topic

 

1base er 2 bit

G=00

A=01

T=10

C=11

 

Filformatet heter 2bit, og det humane genomet kan lastes ned her (som jeg har linket til tidligere)

 

Ser du har rett der. Tok litt for enkle antagelser. Uansett hadde det vert greit å vite hva du reagerte på, trodde jeg hadde rimelig kontroll på dette emnet, men sier jeg noe feil har jeg ikke problemer med å trekke det tilbake;)

[Ribo]

Det er bare kjempefint at du lurte på hva jeg hadde reagert på, og selvfølgelig skal jeg da gi deg et svar.

 

- All arvbar informasjon = genophore (I mennesker lagret som DNA i celle-kjerne + mitochondrium)

Kommentar:

Genophore er et ord som brukes om prokaryote (bakterier), ikke mennesker.

Som et sidespor:

En betydelig mengde RNA og proteiner blir også "arvet". Mange er i brukt for å "boote" opp zygot-cellen og blir deretter nedbrutt. Men det kan være andre spennende ting som f.eks dette

 

- 30 000 genes koder for 100 000 proteins (genes koder som regel for et protein)

Kommentar

ca 1-1.5% av genomet koder for proteiner, men en betydelig større del av genomet blir transkribert til RNA (det snakkes om >80%).

Link

 

Man vet at RNA gener er viktig og mye mer omfattende enn bare rRNA og tRNA. Man vet også at en stor del av disse 80%'ene er gener som koder for RNA som sluttprodukt. En svær klasse av disse genene er de som koder for regulatorisk små RNA, Link (her finnes det også mange statistiske tall om genomet)

 

 

Jeg vil legge til at jeg ikke syns det du skrev var riv-ruske-galt.

Men jeg reagerte på at det ikke taes hensyn til at ikke alle gener og funksjoner er assosiert proteiner.

Oppfattelsen om at: "DNA->RNA->Protein->Cellefunskjon" er så forenklet at den i mine øyne blir feil.

Endret 6. februar 2011 av netroM

[eldavid]

Genophore er et ord som brukes om prokaryote (bakterier), ikke mennesker.

Som et sidespor:

En betydelig mengde RNA og proteiner blir også "arvet". Mange er i brukt for å "boote" opp zygot-cellen og blir deretter nedbrutt. Men det kan være andre spennende ting som f.eks dette

 

Interesant artikkel, forstår jeg det riktig hvis RNA blir med i selve oocyten, for deretter å reversere transkipsjonen tilbake til DNA og modifisere orgnialt genome før zygoten starter differensiering? I tilfelle kan vel dette sees på som enda en måte å få genetisk varisjon?

 

Man vet at RNA gener er viktig og mye mer omfattende enn bare rRNA og tRNA. Man vet også at en stor del av disse 80%'ene er gener som koder for RNA som sluttprodukt. En svær klasse av disse genene er de som koder for regulatorisk små RNA, Link (her finnes det også mange statistiske tall om genomet)

 

Viste at genene inkluderte små DNA ect, men at det var såpass mye viste jeg ikke! De har jo en stor oppgave med tanke på RNA splicing, men virket mye uansett! Har små-RNA andre oppgaver en RNA-splicing?

 

Jeg vil legge til at jeg ikke syns det du skrev var riv-ruske-galt.

Men jeg reagerte på at det ikke taes hensyn til at ikke alle gener og funksjoner er assosiert proteiner.

Oppfattelsen om at: "DNA->RNA->Protein->Cellefunskjon" er så forenklet at den i mine øyne blir feil.

 

Enig med den, prøvde å gjøre formuleringen så enkel så mulig, da mange av fungsjonene til DNA/RNA/protein blir altfor omfattende å gå inn på.

[Ribo]

Interesant artikkel, forstår jeg det riktig hvis RNA blir med i selve oocyten, for deretter å reversere transkipsjonen tilbake til DNA og modifisere orgnialt genome før zygoten starter differensiering? I tilfelle kan vel dette sees på som enda en måte å få genetisk varisjon?

Skal være forsiktig her, for jeg er ikke sikker på dette. Men jeg mener å huske at det ikke er snakk om revers transkripsjon, men heller en epigenetisk effekt. Og ja, eg er helt enig, dette vil gi genetisk variasjon (og svært raskt)

 

Viste at genene inkluderte små DNA ect, men at det var såpass mye viste jeg ikke! De har jo en stor oppgave med tanke på RNA splicing, men virket mye uansett! Har små-RNA andre oppgaver en RNA-splicing?

Ja, mange. som f.eks

translasjon (i RNP),

forsvar mot fremmed DNA (siRNA)

forsvar mot transposable element (piRNA),

modifisering av RNA (snoRNA),

men kanskje aller mest i regulering av genuttrykket (miRNA).

 

 

Enig med den, prøvde å gjøre formuleringen så enkel så mulig, da mange av fungsjonene til DNA/RNA/protein blir altfor omfattende å gå inn på.

Ja, det forstår jeg godt. Og nettopp dette er noe av grunnen til at jeg protesterer på at ALL informasjon man trenger for å gjennskape et menneske er bare å summere antall baser i DNA og lagre dette digitalt.

Jeg mener at skal man lagre noe rent digitalt så må man vite alle funkjsonene sette disse opp i "table of contents" der hver funksjon blir linket til en region på DNA. Det betyr at om ETT gen har 4 forskjellige spleciemønster vil dette bli 4 punkter i "table of contents"

 

Slik fungerer et filsystem på data, og skal man sammenligne data med DNA/biologi må de følge samme prinsippene.

Endret 6. februar 2011 av netroM